手术治疗：对严重顽固性便秘上述所有治疗均无效;若为结肠传输功能障碍型便秘、病情严重者可考虑手术治疗，但手术的远期效果尚仍存在争议，病例选择一定要慎重。在便秘这个庞大的病症群中，真确需要手术治疗的还是属于很少数。
器械辅助：如果粪便硬结，停滞在直肠内近肛部口处或便秘患者年老体弱、排便动力较差或缺乏者，可用结肠水疗或清洁灌肠的方法。
生物反馈：可用于直肠肛部、盆底肌功能紊乱的便秘患者，其长期疗效较好。
认知：重度便秘患者常有焦虑甚至抑郁等心理因素或障碍的表现。应予以认知，使便秘患者消除紧张情绪，必要时给予抗抑郁、抗焦虑治疗，并请心理医师协助诊治。
生活治疗：便秘患者要养成定时排便的习惯;戒烟酒;避免滥用药。提倡均衡饮食、适量增加膳食纤维、多饮水。适量的运动以医疗体操为主，可配合步行、慢跑和腹部的自我推拿。
药物治疗：容积性泻剂主要包括可溶性纤维素(果胶、车前草、燕麦麸等)和不可溶性纤维(植物纤维、木质素等)。容积性泻剂起效慢而副作用小、靠谱，故对妊娠便秘或轻症便秘有较好疗效，但不适于作为暂时性便秘的迅速通便治疗。润滑性泻剂能润滑肠壁，软化大便，使粪便易于排出，使用方便。如开塞露、矿物油或液状石蜡。盐类泻剂，如硫酸镁、镁乳，这类药可引起严重不好反应，临床应慎用。
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